Điều 3. Trách nhiệm của các Bộ, ngành có liên quan:
a) Bộ Văn hoá - Thông tin có trách nhiệm theo dõi, giám sát việc triển khai thực hiện quy hoạch đảm bảo đúng mục tiêu đã đề ra; chịu trách nhiệm thẩm định về chuyên môn đối với các dự án thành phần, các hạng mục bảo tồn, tôn tạo và phát huy các di tích lịch sử - văn hoá.
b) Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn, Bộ Giao thông vận tải, Tổng cục Du lịch có trách nhiệm theo dõi, giám sát việc triển khai thực hiện quy hoạch đảm bảo phù hợp với quy hoạch ngành trên địa bàn thuộc phạm vi khu di tích.
c) Bộ Xây dựng có trách nhiệm thẩm định quy hoạch xây dựng thị xã Ninh Bình, thị trấn Thiên Tôn, thị trấn Me bảo đảm việc xây dựng không phá vỡ cảnh quan khu di tích, không xâm phạm các khu vực bảo vệ di tích, nhất là trong vùng bảo vệ đặc biệt.
d) Bộ Tài nguyên Môi trường chịu trách nhiệm theo dõi, giám sát và có những biện pháp kịp thời để ngăn chặn việc vi phạm Luật bảo vệ môi trường và các văn bản pháp quy dưới luật đối với khu di tích trong quá trình thực hiện quy hoạch, triển khai thi công các dự án thành phần.