Điều 4. - Quản lý và điều hành Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia gồm: Hội đồng quản lý và cơ quan điều hành tác nghiệp:
1. Hội đồng quản lý là cơ quan quản lý Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia gồm các thành viên là đại diện có thẩm quyền của: Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Uỷ ban dân tộc và miền núi, Ngân hàng Nhà nước, Tổng cục trưởng Tổng cục Đầu tư phát triển và đại diện một số tổ chức trong nước góp vốn điều lệ cho Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia do Bộ trưởng Bộ Tài chính chỉ định. Hội đồng quản lý có Chủ tịch và Phó Chủ tịch.
Thành viên Hội đồng quản lý do Bộ trưởng Bộ Tài chính đề nghị, Bộ trưởng, Trưởng ban Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ trình Thủ tướng Chính phủ quyết định.
Nhiệm vụ chính của Hội đồng quản lý là:
Xem xét và phê duyệt phương hướng hoạt động, kế hoạch tài chính, thẩm tra báo cáo quyết toán của Quỹ.
Giám sát, kiểm tra cơ quan điều hành Quỹ trong việc thực hiện các quyết định của Hội đồng quản lý Quỹ.
Trình Thủ tướng Chính phủ bổ sung, sửa đổi điều lệ, chính sách, cơ chế hoạt động của Quỹ.
2. Cơ quan điều hành tác nghiệp Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia do Tổng cục trưởng Tổng cục Đầu tư phát triển làm Tổng Giám đốc. Tổng giám đốc sử dụng bộ máy của hệ thống Tổng cục đầu tư phát triển để tổ chức điều hành hoạt động của Quỹ. Giúp việc Tổng giám đốc có các Phó Tổng Giám đốc và một số bộ phận chuyên môn. Bộ trưởng Bộ Tài chính bổ nhiệm các Phó Tổng Giám đốc theo đề nghị của Tổng Giám đốc.
Tổng Giám đốc là đại diện Pháp nhân của Quỹ, Tổng Giám đốc có trách nhiệm điều hành và quản lý hoạt động của Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia theo đúng Điều lệ, chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản lý, Bộ trưởng Bộ Tài chính và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Quỹ hỗ trợ đầu tư quốc gia.