Điều 4. Phân khu chức năng
1. Phân khu bảo vệ nghiêm ngặt: có diện tích 3.226 ha, nằm ở trung tâm Vườn gồm các khu rừng núi đá chưa hoặc ít bị tác động, các nơi cư trú của các loài động vật quý, hiếm đặc biệt là các loài Voọc. Ranh giới của khu được xác định bởi các động núi đá hiểm trở, phía Bắc và phía Tây là núi Pù Nộc Chắp với phía Nam và phía Đông là suối Tà Han và núi Kéo Siu.
2. Phân khu phục hồi sinh thái: gồm các khu rừng liên tục ở phía Bắc và phía Nam, tiếp giáp với khu bảo vệ nghiêm ngặt có diện tích 3.623 ha. Khu rừng này tuy đã bị tác động nhưng có nhiều loài động, thực vật quý cần được khoanh nuôi, bảo vệ phục hồi.
3. Phân khu hành chính: có diện tích 450 ha, là khu vực xây dựng các công trình làm việc và sinh hoạt của Ban Quản lý Vườn, các cơ sở nghiên cứu khoa học, dịch vụ du lịch, vui chơi, giải trí.
4. Khu mặt hồ: bao gồm hồ Ba Bể và các đảo An Mã, Khẩu Cúm, Bà Goá.
5. Vùng đệm của Vườn Quốc gia Ba Bể bao gồm toàn bộ vùng đầu nguồn của các suối chảy vào hồ Ba Bể.