Điều 2. Nhiệm vụ chủ yếu của Viện gồm các nội dung sau:
2.1. Xây dựng và tổ chức thực hiện các chương trình kế hoạch hàng năm, ngắn hạn và dài hạn về khoa học thủy lợi nhằm đáp ứng yêu cầu phát triển và quản lý tài nguyên nước của ngành.
2.2. Nghiên cứu các vấn đề về công trình thủy lợi, thủy nông cải tạo đất, hệ thống nông nghiệp có tưới tiêu bảo vệ môi trường nước, hệ thống bờ sông, cửa sông,ven biển, hải đảo phòng chống giảm nhẹ thiên tai, công nghệ thông tin về quản lý và phát triển tài nguyên nước.
2.3. Ứng dụng và chuyển giao công nghệ mới vào sản xuất sản xuất, tư vấn về công nghệ thủy lợi; tham gia xây dựng quy trình trong quản lý và phát triển tài nguyên nước; đánh giá chất lượng nước và hiệu quả các công trình thủy lợi.
2.4. Thực hiện đào tạo sau đại học, tham gia đào tạo bồi dưỡng cán bộ về thủy lợi.
2.5. Chịu trách nhiệm chính và hợp tác với các tổ chức và cá nhân trong và ngoài nước về nghiên cứu - đào tạo sau đại học, tham gia đào tạo bồi dưỡng cán bộ thủy lợi ở phía Nam.