Điều 3. Lãnh đạo Viện có: Viện trưởng và từ 1 đến 2 Phó viện trưởng giúp việc. Giúp việc lãnh đạo có một Phòng tổng hợp bao gồm công tác: cán bộ - Hành chính - Quản trị và một tổ kế toán tài chính trực thuộc Viện trưởng.
Các Khoa chuyên môn gồm:
- Khoa phẫu thuật hàm mặt
- Khoa phục hình (răng giả)
- Khoa chỉnh răng, hàm
- Khoa điều trị răng miệng
- Khoa răng trẻ em
- Khoa Nha chu
- Khoa phẫu thuật răng miệng (nhổ răng)
- Khoa tia X
- Phòng khám răng hàm mặt tổng hợp
- Khoa dược
Mỗi khoa có một trưởng khoa và một phó khoa.
Biên chế lao động của Viện là tổng số biên chế lao động hiện có của khoa răng hàm mặt từ Bệnh viện hữu nghị Việt - Đức chuyển sang.