Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Viện có: Viện trưởng và các Phó Viện trưởng.
a) Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện.
b) Phó Viện trưởng do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật về nhiệm vụ được Viện trưởng phân công.
2. Các phòng chức năng như sau:
a) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;
b) Phòng Tổ chức, Hành chính;
c) Phòng Tài chính Kế toán.
3. Các bộ môn nghiên cứu:
a) Bộ môn Công nghệ sinh học;
b) Bộ môn Canh tác;
c) Bộ môn Sinh lý sinh hóa và Chất lượng nông sản;
d) Bộ môn Cây thực phẩm.
4. Các đơn vị trực thuộc Viện được sử dụng con dấu và mở tài khoản riêng:
a) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển lúa lai, trụ sở tại huyện Thanh Trì, thành phố Hà Nội;
b) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển lúa thuần, trụ sở tại huyện Gia Lộc, tỉnh Hải Dương;
c) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển đậu đỗ, trụ sở tại huyện Thanh Trỡ, thành phố Hà Nội;
d) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển cây có củ, trụ sở tại huyện Thanh Trỡ, thành phố Hà Nội;
đ) Trung tâm Nghiên cứu và Phát triển hệ thống nông nghiệp, trụ sở tại huyện Thanh Trỡ, thành phố Hà Nội;
e) Trung tâm Thực nghiệm cây lương thực và cây thực phẩm, trụ sở tại huyện Gia Lộc, tỉnh Hải Dương (Khi đủ điều kiện sẽ chuyển thành doanh nghiệp khoa học).
5. Doanh nghiệp khoa học công nghệ:
Trung tâm Chuyển giao công nghệ và Khuyến nông Viện Cây lương thực cây thực phẩm, được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật, trụ sở tại huyện Thanh Trì, thành phố Hà Nội.
Các phòng có Trưởng phòng và Phó Trưởng phòng, bộ môn có Trưởng bộ môn và Phó Trưởng bộ môn, trung tâm có Giám đốc và Phó Giám đốc.