Điều 4. Cơ cấu tổ chức của Cục Điều tra chống buôn lậu gồm:
1. Phòng Tham mưu tổng hợp (Phòng 1)
2. Phòng Thu thập, xử lý thông tin nghiệp vụ hải quan (Phòng 2)
3. Phòng Quản lý rủi ro (Phòng 3)
4. Phòng Tham mưu xử lý vi phạm (Phòng 4)
5. Phòng Kiểm soát ma tuý (Phòng 5)
6. Phòng Hành chính, Quản trị, Tài vụ và Tổ chức (Phòng 6)
7. Đội Kiểm soát hải quan khu vực phía Bắc (Đội 1)
8. Đội Kiểm soát hải quan khu vực phía Nam (Đội 2)
9. Đội Kiểm soát ma tuý (Đội 3)
10. Hải đội Kiểm soát hải quan số 1 (Hải đội 1)
11. Hải đội Kiểm soát hải quan số 2 (Hải đội 2)
12. Hải đội Kiểm soát hải quan số 3 (Hải đội 3)
13. Trung tâm Huấn luyện chó nghiệp vụ phát hiện ma tuý và chất nổ (đơn vị sự nghiệp).
Nhiệm vụ cụ thể của các Phòng, Đội, Hải đội; nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Huấn luyện chó nghiệp vụ phát hiện ma tuý và chất nổ do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quy định.