Điều 3. Tổ chức bộ máy Ban quản lý:
- Lãnh đạo: Giám đốc và các Phó Giám đốc.
- Có 2 phòng chuyên môn giúp việc:
+ Phòng Hành chính - Tổ chức.
+ Phòng Kế hoạch - Tài chính.
- Có 3 đơn vị trực thuộc:
+ Hạt kiểm lâm: đơn vị có con dấu và tài khoản riêng.
+ Trung tâm nghiên cứu khoa học và Cứu hộ: thành lập trên cơ sở sáp nhập hai Trung tâm Nghiên cứu khoa học và Cứu hộ động thực vật của Vườn quốc gia, là đơn vị sự nghiệp có con dấu và tài khoản riêng.
+ Trung tâm Du lịch văn hóa và sinh thái: là đơn vị sự nghiệp có thu, có con dấu và tài khoản riêng.
- Giám đốc Ban quản lý Vườn quốc gia Phong Nha - Kẻ Bàng quy định cụ thể chức năng, nhiệm vụ tổ chức bộ máy, biên chế, cán bộ cho các phòng và đơn vị trực thuộc.