Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Viện
Lãnh đạo Viện có Viện trưởng và Phó Viện trưởng giúp việc Viện trưởng, do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn bổ nhiệm có thời hạn theo quy Viện trưởng điều hành hoạt động của Viện chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ nông nghiệp và PTNT và trước pháp luật về hoạt động của Viện.
Các phó Viện trưởng giúp việc cho Viện trưởng chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật đối với các nhiệm vụ được phân công.
2. Các phòng quản lý
a) Phòng Tổ chức Hành chính;
b) Phòng Kế hoạch Khoa học hợp tác quốc tế;
c) Phòng Kế toán tài vụ (kể cả vật tư).
3. Các phòng chuyên môn
a) Phòng Phân vùng kinh tế nông nghiệp;
b) Phòng Quy hoạch nông nghiệp;
c) Phòng Đo đạc bản đồ;
d) Phòng Thổ nhưỡng;
đ) Phòng Phân tích đất và môi trường.
4. Các đơn vị trực thuộc Viện không có con dấu và tài khoản riêng
a) Trung tâm Tài nguyên và môi trường;
b) Trung tâm Viễn thám và GIS;
c) Trung tâm Phát triển cộng đồng nông thôn;
d) Đoàn Quy hoạch và hợp tác với Lào.
5. Các đơn vị trực thuộc Viện được sử đụng con dấu và mở tài khoản riêng
a) Phân Viện Quy hoạch và thiết kế nông nghiệp miền Nam, trụ sở tại thành phố Hồ Chí Minh;
b) Phân Viện Quy hoạch và thiết kế nông nghiệp miền Trung, trụ sở tại thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hoà;
c) Trung tâm quy hoạch và Phát triển Nông thôn I, trụ sở tại thành phố Hà Nội;
d) Trung tâm quy hoạch và Phát triển Nông thôn II, trụ sở tại thành phố Hà Nội;
đ) Xí nghiệp Đo đạc bản đồ nông nghiệp I, trụ sở tại huyện Lương Sơn, tỉnh Hoà Bình;
e) Xí nghiệp Đo đạc bản đồ nông nghiệp II, trụ sở tại thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hoà.
Giao Viện trưởng Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp chịu trách nhiệm quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tở chức của các.đơn vị trực thuộc.