Điều 6. Bảo hiểm y tế Việt Nam do Tổng Giám đốc quản lý và điều hành theo chế độ thủ trưởng. Giúp việc cho Tổng Giám đốc có các Phó Tổng giám đốc.
Tổng Giám đốc Bảo hiểm y tế Việt Nam do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Hội đồng quản lý Bảo hiểm y tế Việt Nam và thoả thuận của Bộ trưởng, Trưởng Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ. Các phó Tổng Giám đốc Bảo hiểm y tế Việt Nam do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Tổng Giám đốc Bảo hiểm y tế Việt Nam;
Cơ cấu tổ chức bộ máy giúp việc cho Tổng GIám đốc Bảo hiểm y tế Việt Nam gồm:
1. Văn phòng
2. Ban nghiệp vụ Khai thác
3. Ban nghiệp vụ Giám định
4. Ban Kế hoạch - Tài chính
5. Ban Tổ chức - Cán bộ
6. Ban Kiểm toán nội bộ
7. Ban Hợp tác quốc tế
8. Ban Thông tin tuyên truyền
9. Trung tâm Tin học
10. Trung tâm Đào tạo
11. Cơ quan đại diện Bảo hiểm y tế Việt Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh
Tổng Giám đốc Bảo hiểm y tế Việt Nam qui định cụ thể chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và mối quan hệ công tác của các tổ chức nói trên.