Điều 2: Cơ quan được giao nhiệm vụ tổ chức thu phí, lệ phí hàng hải có trách nhiệm tổ chức thu phí, lệ phí hàng hải và được trích theo tỷ lệ phần trăm (%) trên tổng số tiền phí, lệ phí thu được trước khi nộp vào ngân sách Nhà nước theo quy định sau đây:
a. Cảng vụ Hàng hải được thu phí trọng tải; phí neo đậu tại vũng, vịnh, phí sử dụng cầu, bến, phao neo do Ngân sách Nhà nước đầu tư và do cơ quan cảng vụ quản lý; lệ phí ra vào cảng biển; lệ phí chứng thực (kháng nghị hàng hải) và được trích để lại 35% trên tổng số tiền phí, lệ phí thu được. Cục Hàng hải Việt Nam được phép điều hoà kinh phí để lại chi giữa các đơn vị Cảng vụ.
b. Bảo đảm An toàn Hàng hải Việt Nam được thu phí bảo đảm hàng hải và được để lại 100% tổng số tiền phí thu được.
c. Các công ty Hoa tiêu Hàng hải được thu phí hoa tiêu và thực hiện chế độ tài chính theo qui định hiện hành.
Việc quản lý sử dụng số tiền phí, lệ phí được trích theo quy định tại tiết a, b và c Điều này thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.