Điều 3. Cơ cấu tổ chức
a) Lãnh đạo Cục có Cục trưởng và một số Phó Cục trưởng.
Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về các nhiệm vụ được giao; quy định chức năng, nhiệm vụ cụ thể của các đơn vị thuộc Cục, quy chế làm việc và điều hành mọi hoạt động của Cục.
Phó Cục trưởng chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về lĩnh vực công tác được phân công.
b) Bộ máy giúp việc Cục trưởng:
1. Văn phòng;
2. Phòng Chính sách, Quy hoạch;
3. Phòng Quản lý điều tra tài nguyên nước;
4. Phòng Quản lý nước mặt;
5. Phòng Quản lý nước dưới đất;
6. Phòng Bảo vệ tài nguyên nước;
7. Phòng Đào tạo và nâng cao nhận thức cộng đồng.
c) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục:
1. Trung tâm Công nghệ và đánh giá tài nguyên nước;
2. Trung tâm Quản lý cơ sở dữ liệu tài nguyên nước.
d) Cục Quản lý tài nguyên nước, các Trung tâm trực thuộc Cục có con dấu riêng, được mở tài khoản theo quy định hiện hành.