Điều 11. Quyết toán kinh phí sử dụng hàng năm Quỹ chịu trách nhiệm quyết toán kinh phí sử dụng hàng năm theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước; các quy định khác của nhà nước về quyết toán kinh phí có liên quan đến hoạt động của Quỹ;
1- Đối với dự án hoàn thành: Thẩm quyền phê duyệt Quyết toán: Dự án hoàn thành do cấp nào phê duyệt dự án khả thi thì cấp đó có quyền phê duyệt quyết toán. Thẩm quyền thẩm tra quyết toán: Dự án do Bộ Ngoại giao và Uỷ ban về người Việt Nam ở nước ngoài phê duyệt quyết toán do Quỹ HTCĐ thẩm tra. Đối với dự án do Giám đốc Quỹ phê duyệt quyết toán, giám đốc Quỹ bố trí bộ phận thẩm tra. Thời hạn thẩm tra và phê duyệt dự án tối đa là 30 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ quyết toán. Thời hạn lập báo cáo quyết toán tối đa là 3 tháng. Quỹ tổng hợp các báo cáo quyết toán dự án hoàn thành đã được phê duyệt hàng năm gửi Bộ Ngoại giao. Quỹ có trách nhiệm đôn đốc chủ dự án chậm quyết toán; tổng hợp và phân tích nguyên nhân các dự án hoàn thành nhưng gửi báo cáo quyết toán không đúng thời hạn, đề xuất với Bộ Ngoại giao biện pháp giải quyết.
2- Đối với các dự án chưa hoàn thành cũng phải tổng hợp và đánh giá tình hình sử dụng kinh phí ngân sách trong năm gửi Bộ Ngoại giao.