Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch, Tài chính.
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
3. Vụ Pháp chế, Thanh tra.
4. Vụ Quản lý xây dựng cơ bản.
5. Vụ Quản lý nguồn nước và nước sạch nông thôn.
6. Vụ Quản lý công trình thủy lợi và an toàn đập.
7. Vụ Quản lý đê điều.
8. Văn phòng Tổng cục (có đại diện tại Thành phố Hồ Chí Minh).
9. Cục Phòng, chống thiên tai (có Chi cục Phòng, chống thiên tai miền Trung và Tây Nguyên và Chi cục Phòng, chống thiên tai miền Nam).
10. Trung tâm Phòng, tránh và giảm nhẹ thiên tai.
11. Trung tâm Tư vấn và Chuyển giao công nghệ Thủy lợi.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ Khoản 1 đến Khoản 9 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ Khoản 10 đến Khoản 11 là các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.