Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch, Tài chính.
2. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
3. Vụ Pháp chế, Thanh tra.
4. Vụ Bảo tồn và Phát triển nguồn lợi thủy sản.
5. Vụ Nuôi trồng thủy sản.
6. Vụ Khai thác thủy sản.
7. Văn phòng Tổng cục (có đại diện tại Thành phố Hồ Chí Minh).
8. Cục Kiểm ngư (có các Chi cục Kiểm ngư vùng).
9. Trung tâm Đăng kiểm tàu cá.
10. Trung tâm Khảo nghiệm, Kiểm nghiệm, Kiểm định nuôi trồng thủy sản.
11. Trung tâm Thông tin thủy sản.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ Khoản 1 đến Khoản 8 là các tổ chức giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ Khoản 9 đến Khoản 11 là các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.