Điều 3. Chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng:
1. Phí thẩm định đề án, báo cáo thăm dò, khai thác, sử dụng nước dưới đất; khai thác, sử dụng nước mặt; xả nước thải vào nguồn nước, công trình thủy lợi là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí thẩm định đề án, báo cáo thăm dò, khai thác, sử dụng nước dưới đất; khai thác, sử dụng nước mặt; xả nước thải vào nguồn nước, công trình thủy lợi được trích 10% (mười phần trăm) trên tổng số tiền phí thu được trước khi nộp vào ngân sách nhà nước để chi phí cho các công việc liên quan đến việc thẩm định và thu phí theo chế độ quy định. Số còn lại 90% (chín mươi phần trăm), cơ quan thu phí có trách nhiệm nộp vào ngân sách nhà nước theo chương, loại, khoản, mục, tiểu mục tương ứng của mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
2. Chứng từ thu, chế độ tài chính, kế toán, quản lý và sử dụng phí: thực hiện theo Nghị định số 57/2002/NĐ-CP và Nghị định số 24/2006/NĐ-CP của Chính phủ; Thông tư số 63/2002/TT-BTC và Thông tư số 45/2006/TT-BTC của Bộ Tài chính và các quy định khác có liên quan.