Điều 5. Tổ chức bộ máy của Cục Môi trường gồm có:
1. Văn phòng Cục (bao gồm cả bộ phận kế hoạch, tài vụ, hành chính, pháp chế, tổ chức, hợp tác quốc tế...).
2. Phòng Công nghệ môi trường (bao gồm cả thẩm định các báo cáo đánh giá tác động môi trường của các dự án).
3. Phòng Kiểm soát ô nhiễm và chất thải (bao gồm cả thanh tra môi trường và xử lý sự cố môi trường).
4. Phòng quản lý hệ thống quan trắc, đánh giá và dự báo môi trường nền (gọi tắt là monitoring nền, bao gồm cả nghiên cứu môi trường, xây dựng tiêu chuẩn môi trường).
5. Phòng Giáo dục, đào tạo và thông tin tư liệu về môi trường.