Điều 3. Tổ chức của Ngân hàng phục vụ người nghèo gồm có:
- Hội đồng quản trị.
- Trung tâm điều hành tác nghiệp.
1. Hội đồng quản trị: Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý của Ngân hàng phục vụ người nghèo gồm các thành viên là đại diện có thẩm quyền của Văn phòng Chính phủ, Uỷ ban kế hoạch Nhà nước, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội, Uỷ ban dân tộc miền núi, Bộ Công nghiệp và nông nghiệp thực phẩm, Bộ Tài chính, Ngân hàng Nhà nước, Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam, Hội Nông dân Việt Nam do các cơ quan cử; đại diện một số tổ chức trong nước góp vốn cho Ngân hàng phục vụ người nghèo do Thống đốc Ngân hàng Nhà nước chỉ định và Giám đốc Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam.
Thành viên Hội đồng quản trị, Chủ tịch Hội đồng quản trị, Phó Chủ tịch Hội đồng quản trị, do Thống đốc Ngân hàng Nhà nước sau khi thống nhất với Bộ trưởng - Trưởng ban Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ trình Thủ tướng Chính phủ phê chuẩn. Hội đồng quản trị cử thường trực Hội đồng quản trị, tổng kiểm soát. Tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, quận, huyện, thị xã, thành phố thuộc tỉnh có Ban đại diện Hội đồng quản trị Ngân hàng phục vụ người nghèo do Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cùng cấp quyết định nhân sự cụ thể theo hướng dẫn của Hội đồng quản trị Ngân hàng phục vụ người nghèo.
2. Trung tâm điều hành tác nghiệp có Tổng giám đốc. Giúp việc Tổng giám đốc có một số Phó Tổng giám đốc và một số phòng ban chuyên môn. Tổng giám đốc, các Phó Tổng giám đốc do Hội đồng quản trị đề nghị và Thống đốc Ngân hàng Nhà nước bổ nhiệm. Điều hành tác nghiệp tại các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, quận, huyện, thị xã thành phố trực thuộc tỉnh do Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam đảm nhiệm.