Điều 3. Trung tâm do Giám đốc quản lý, điều hành ; có Phó Giám đốc và Kế toán trưởng giúp việc Giám đốc. Các chức danh này do Ủy ban nhân dân thành phố bổ nhiệm, miễn nhiệm trên cơ sở đề nghị của Giám đốc Sở Tài chính thông qua Giám đốc Sở Nội vụ.
Giám đốc Sở Tài chính có trách nhiệm chỉ đạo Giám đốc Trung tâm sắp xếp bộ máy tổ chức tinh gọn và hoạt động đúng mục tiêu, có hiệu quả ; bố trí cán bộ, công chức phù hợp, đủ năng lực và phẩm chất để hoàn thành các nhiệm vụ được giao ; xây dựng quy chế tổ chức và hoạt động của Trung tâm, trình Ủy ban nhân dân thành phố phê duyệt.