Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Địa chất.
2. Vụ Khoáng sản.
3. Vụ Chính sách và Pháp chế.
4. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
5. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
6. Vụ Tổ chức cán bộ.
7. Văn phòng Tổng cục.
8. Cục Kinh tế Địa chất và Khoáng sản.
9. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Bắc.
10. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Trung.
11. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Nam.
12. Liên đoàn Bản đồ Địa chất miền Bắc.
13. Liên đoàn Bản đồ Địa chất miền Nam.
14. Liên đoàn Địa chất Đông Bắc.
15. Liên đoàn Địa chất Tây Bắc.
16. Liên đoàn Địa chất Bắc Trung Bộ.
17. Liên đoàn Địa chất Trung Trung Bộ.
18. Liên đoàn Địa chất Xạ - Hiếm.
19. Liên đoàn Vật lý Địa chất.
20. Liên đoàn INTERGEO.
21. Liên đoàn Địa chất và Khoáng sản biển.
22. Trung tâm Kiểm định địa chất.
23. Trung tâm Phân tích thí nghiệm địa chất.
24. Trung tâm Thông tin, Lưu trữ và Tạp chí địa chất.
25. Bảo tàng Địa chất.
Tại Điều này, các tổ chức từ khoản 1 đến khoản 11 là các tổ chức giúp việc Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ khoản 12 đến khoản 26 là các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục.
Văn phòng Tổng cục có 04 phòng; Cục Kinh tế Địa chất và Khoáng sản có 03 phòng; Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Bắc có 03 phòng; Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Trung có 03 phòng; Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản miền Nam có 03 phòng.