Điều 3. Về tổ chức bộ máy:
a) Lãnh đạo trường: Trường Cao đẳng Y tế Phú Thọ có Hiệu trưởng và các Phó hiệu trưởng.
b) Các phòng, khoa trực thuộc:
- Phòng Hành chính - Tổ chức;
- Phòng Đào tạo - Nghiên cứu khoa học;
- Phòng Quản lý học sinh;
- Phòng Quản trị - Đời sống;
- Phòng Tài chính - Kế toán;
- Khoa Khoa học cơ bản;
- Khoa Y học cơ sở;
- Khoa Y học lâm sàng;
- Trung tâm ngoại ngữ tin học (có Đề án thành lập riêng).