Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Chính sách và Pháp chế.
2. Vụ Hợp tác quốc tế và Khoa học, Công nghệ.
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
4. Vụ Tổ chức cán bộ.
5. Văn phòng.
6. Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển, hải đảo.
7. Cục Quản lý điều tra cơ bản biển và hải đảo.
8. Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo.
9. Viện Nghiên cứu biển và hải đảo.
10. Trung tâm Điều tra tài nguyên - môi trường biển.
11. Trung tâm Đào tạo và Truyền thông biển, hải đảo.
12. Trung tâm Hải văn.
13. Trung tâm Quy hoạch và Quản lý tổng hợp vùng duyên hải khu vực phía Bắc.
14. Trung tâm Quy hoạch và Quản lý tổng hợp vùng duyên hải khu vực phía Nam.
15. Trung tâm Thông tin, dữ liệu biển và hải đảo.
16. Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ Khoản 1 đến Khoản 8 là tổ chức hành chính giúp Tổng cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước, các tổ chức quy định từ Khoản 9 đến Khoản 16 là tổ chức sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.