Điều 3. Tổ chức bộ máy và biên chế:
- Lãnh đạo gồm có: Chi cục trưởng và các Phó Chi cục trưởng.
- Các bộ phận chuyên môn, nghiệp vụ giúp việc.
- Biên chế của Chi cục Quản lý đê điều và phòng chống lụt bão Bắc Ninh là biên chế quản lý nhà nước , nằm trong tổng biên chế của Sở Nông nghiệp và PTNT tỉnh Bắc Ninh, do Chủ tịch UBND tỉnh phân bổ hàng năm.