Điều 16. Cơ quan quản lý chương trình mục tiêu quốc gia có nhiệm vụ:
1. Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương liên quan tổ chức xây dựng nội dung chương trình và các dự án thuộc chương trình, gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính để thẩm định, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.
2. Thành lập Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia để giúp Thủ trưởng cơ quan quản lý, tổ chức thực hiện chương trình; giải thể Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia khi chương trình kết thúc.
Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia là một đồng chí lãnh đạo cơ quan quản lý chương trình mục tiêu quốc gia. Các thành viên Ban Chủ nhiệm gồm đại diện có thẩm quyền của các bộ phận: kế hoạch, tài vụ và các bộ phận có liên quan.
Quy chế hoạt động của Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia do cơ quan quản lý chương trình mục tiêu quốc gia quyết định.
Kinh phí hoạt động của Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia được bố trí trong kinh phí hoạt động thường xuyên của cơ quan quản lý chương trình mục tiêu quốc gia.
3. Đối với những chương trình mục tiêu quốc gia có tầm quan trọng đặc biệt, Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia cần có thành viên thuộc các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương có liên quan.
Thành phần và Quy chế hoạt động của Ban Chủ nhiệm chương trình mục tiêu quốc gia này do Thủ tướng Chính phủ quyết định.
4. Hàng năm, cơ quan quản lý chương trình mục tiêu quốc gia có trách nhiệm lập kế hoạch về mục tiêu, nhiệm vụ, nhu cầu kinh phí và đề xuất các giải pháp thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính để tổng hợp trình Chính phủ.
Căn cứ tổng mức kinh phí của chương trình được cấp có thẩm quyền thông báo, cơ quan quản lý chương trình mục tiêu quốc gia chủ trì, phối hợp với Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính dự kiến phân bổ kinh phí của chương trình, cả về cơ cấu và mức kinh phí phân bổ cụ thể cho các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phù hợp với các mục tiêu, nhiệm vụ đã được duyệt (trong trường hợp còn có ý kiến không thống nhất về cơ cấu và mức vốn cụ thể cho các đơn vị thực hiện thì ý kiến cơ quan quản lý chương trình là quyết định).
Văn bản phân bổ mục tiêu, nhiệm vụ và kinh phí của các chương trình được gửi về Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính để tổng hợp vào ngân sách chung của các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trình Thủ tướng Chính phủ quyết định.
5. Chịu trách nhiệm quyết toán phần kinh phí chương trình mục tiêu quốc gia trực tiếp thực hiện.
Chịu trách nhiệm về việc sử dụng kinh phí của chương trình mục tiêu quốc gia đúng mục đích, có hiệu quả, không để thất thoát.
6. Chủ trì, phối hợp với các cơ quan chức năng xây dựng quy chế, chính sách và hướng dẫn nghiệp vụ cho các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương để có căn cứ thực hiện.
7. Chỉ đạo các cơ quan ngành dọc ở địa phương phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư xây dựng kế hoạch hàng năm của chương trình mục tiêu quốc gia (mục tiêu, nhiệm vụ, kinh phí, biện pháp tổ chức thực hiện) để tổng hợp vào kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội chung của tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
8. Hướng dẫn Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xây dựng kế hoạch hàng năm của chương trình mục tiêu quốc gia (mục tiêu, nhiệm vụ, kinh phí, biện pháp tổ chức thực hiện); thực hiện đầy đủ nội dung và tiến độ báo cáo tình hình thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia theo quy định chung.
9. Đôn đốc, kiểm tra, giám sát tình hình thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia của các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
10. Định kỳ (hàng quý, hàng năm, giữa kỳ, kết thúc chương trình) tổng hợp tình hình thực hiện chương trình mục tiêu quốc gia của các Bộ, ngành, cơ quan Trung ương và các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, báo cáo Thủ tướng Chính phủ, Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính.