Điều 6. Căn cứ vào tổng mức chi ngân sách của Nhà nước dành cho khoa học và công nghệ, Bộ trưởng Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường có trách nhiệm xây dựng kế hoạch cân đối ngân sách cho các nhiệm vụ nêu ở Điều 3, cùng Uỷ ban Kế hoạch Nhà nước và Bộ Tài chính phân bổ kinh phí cho từng Bộ, ngành, địa phương cho các Trung tâm Khoa học Quốc gia, Bộ Giáo dục và Đào tạo và các Đại học Quốc gia.
Thủ trưởng các Bộ, ngành, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố, Giám đốc các Trung tâm Khoa học Quốc gia, các Đại học Quốc gia phân bổ kinh phí cho các đơn vị trực thuộc. Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo phân bổ kinh phí cho các trường đại học khác.
Việc cấp phát kinh phí nghiên cứu khoa học và công nghệ, kể cả cho các nhiệm vụ theo chức năng thường xuyên và cho các nhiệm vụ trọng điểm quốc gia đều do Bộ Tài chính thực hiện thông qua hệ thống Kho bạc.
Sau khi đánh giá và nghiệm thu về mặt khoa học, cơ quan đặt hàng và đơn vị thực hiện phải tiến hành thanh lý hợp đồng và báo cáo cho Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Bộ Tài chính.