Điều 4. Tổ chức quản lý thu, nộp và sử dụng phí.
1. Quản lý thu, nộp và sử dụng phí thuộc ngành Giao thông Vận tải thực hiện theo Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí, Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính.
2. Tùy theo tình hình thực tế, các địa phương có thể tổ chức thu phí trực tiếp hoặc giao khoán theo hình thức đấu thầu, mức thu phải thực hiện đúng quy định tại Điều 3 của Quy định này. Biên lai thu phí do ngành thuế phát hành thống nhất và được quản lý sử dụng theo chế độ quản lý biên lai thu phí, lệ phí của Bộ Tài chính quy định.
a) Trường hợp phí do cơ quan chức năng của Nhà nước trực tiếp thu (Ủy ban nhân dân cấp huyện, xã, Phòng Hạ tầng Kinh tế huyện, Phòng Quản lý đô thị…):
- Đối với các đơn vị chưa thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ: số thu phí được nộp toàn bộ 100% vào ngân sách nhà nước và phần chi phí phục vụ công tác thu do ngân sách nhà nước bảo đảm.
- Đối với các đơn vị đã thực hiện Nghị định số 43/2006/NĐ-CP ngày 25/4/2006 của Chính phủ: số thu phí được để lại 100% cho đơn vị thu sau khi thực hiện các nghĩa vụ tài chính theo quy định của pháp luật. Đối với các đơn vị có nguồn thu lớn phải chủ động trích lập quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp để chi sửa chữa, mua sắm phương tiện giao thông; chi cải tạo, nâng cấp bến bãi…
b) Trường hợp phí được tổ chức theo hình thức đấu thầu giao khoán cho tổ chức, cá nhân ngoài cơ quan chức năng của Nhà nước thu: số thu theo giá trúng thầu được nộp 100% vào ngân sách nhà nước.
Chủ phương tiện có trách nhiệm chủ động trích nguồn kinh phí để đầu tư, cải tạo, nâng cấp bến bãi đảm bảo phù hợp với quy mô phát triển và tiêu chuẩn quy định của ngành Giao thông Vận tải.
c) Đối với các dự án đầu tư có thu phí bằng hình thức BOT thì mức thu được thực hiện theo hợp đồng BOT đã ký kết giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền với nhà đầu tư. Trong quá trình khai thác, nếu thấy cần thiết phải điều chỉnh mức thu thì phải được 2 bên thống nhất bổ sung hợp đồng nhưng không được vượt quá mức thu tại Điều 3 Quy định này và phải báo cáo với cơ quan tài chính.
Đối với các bến phà thuộc Trung ương quản lý thì mức thu phí do cơ quan có thẩm quyền của Trung ương quyết định; các bến phà, phà chẹt liên tỉnh do một tỉnh quản lý phải có sự thỏa thuận giữa 2 huyện của 2 tỉnh để thống nhất mức thu và phải báo cáo với cơ quan tài chính của 2 tỉnh trước khi thực hiện.