Điều 12. Cơ cấu tổ chức của Bệnh viện gồm:
I. CÁC PHÒNG CHỨC NĂNG: 08 phòng
1. Phòng Tổ chức Cán bộ
2. Phòng Kế hoạch Tổng hợp
3. Phòng Hành chính Quản trị
4. Phòng Tài chính Kế toán
5. Phòng Chỉ đạo tuyến
6. Phòng Điều dưỡng
7. Phòng Quản lý nghiên cứu khoa học, đào tạo và Thông tin y học
8. Phòng vật tư - Thiết bị y tế
II. CÁC KHOA LÂM SÀNG: 21 khoa
1. Khoa Khám bệnh răng miệng
2. Khoa Khám bệnh hàm mặt
3. Khoa Cấp cứu răng hàm mặt
4. Khoa Gây mê hồi sức
5. Khoa Săn sóc đặc biệt
6. Khoa Phẫu thuật hàm mặt
7. Khoa Tạo hình hàm mặt
8. Khoa Vi Phẫu hàm mặt
9. Khoa Điều trị nha khoa tổng quát
10. Khoa Nha trẻ em
11. Khoa Nha lão khoa
12. Khoa Nha khoa công cộng
13. Khoa Chỉnh hàm răng mặt
14. Khoa Điều trị khợp Thái Dương hàm
15. Khoa Nha chu
16. Khoa Cấp ghép nha khoa
17. Khoa Nhổ răng - Tiểu phẫu thuật
18. Khoa Phục hình tháo lắp
19. Khoa Phục hình cố định
20. Khoa phục hình hàm mặt
21. Khoa Chữa răng
III. CÁC KHOA CẬN LÂM SÀNG VÀ LABO: 10 Khoa và Labo
1. Khoa Chẩn đoán hình ảnh
2. Khoa xét nghiệm
3. Khoa chống nhiễm khuẩn
4. Khoa Dược
5. Khoa Dinh dưỡng
6. Labo Phục hình răng
7. Labo sinh học miệng
8. Labo Chỉnh hình răng mặt
9. Labo sinh hoá và kiểm định Fluor
10. Labo Vi sinh - Miễn dịch nha khoa.
Các đơn vị khác của Bệnh viện sẽ được Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định thành lập khi có nhu cầu theo đề nghị của Giám đốc Bệnh viện.