Điều 4. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có nhiệm vụ quản lý vườn quốc gia Yok Đôn theo quy định tại Quyết định số 08/2001/QĐ - TTg ngày 11 tháng 01 năm 2001 của Thủ tướng Chính phủ về quy chế quản lý rừng đặc dụng, rừng phòng hộ và rừng sản xuất là rừng tự nhiên; hoàn thành Dự án đầu tư xây dựng và phát triển vườn quốc gia Yok Đôn mở rộng, Dự án đầu tư xây dựng, phát triển vùng đệm của vườn quốc gia Yok Đôn mở rộng, thẩm định, phê duyệt và triển khai thực hiện dự án theo quy định hiện hành.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, phối hợp với Uỷ ban nhân dân tỉnh Đăk Lắk thực hiện việc xác nhập lâm trường Buôn Đôn và lâm trường Buôn D'răng Phôk vào vườn quốc gia Yok Đôn (do toàn bộ rừng và đất rừng của 2 lâm trường được giao cho vườn quốc gia quản lý) theo nguyên tắc: giữ nguyên hiện trạng về vốn rừng, bố trí số cán bộ, công nhân của 2 lâm trường vào biên chế của Vườn quốc gia, bảo đảm đời sống và việc làm cho họ; đồng thời quản lý tài sản và vốn của 2 lâm trường khi chuyển giao sang Vườn quốc gia Yok Đôn mở rộng theo đúng quy định hiện hành.