Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Sở:
a) Sở có Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc;
b) Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân tỉnh, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở; chịu trách nhiệm báo cáo công tác trước Hội đồng nhân dân tỉnh, Ủy ban nhân dân tỉnh và Bộ Giao thông vận tải theo quy định.
c) Phó Giám đốc Sở là người giúp Giám đốc Sở, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công; khi Giám đốc Sở vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy quyền điều hành các hoạt động của Sở;
d) Việc bổ nhiệm Giám đốc và Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ Giao thông vận tải ban hành và theo quy định của pháp luật. Việc miễn nhiệm, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ, chính sách đối với Giám đốc và Phó Giám đốc Sở do Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh quyết định theo quy định của pháp luật.
2. Các tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ (07 tổ chức), gồm:
a) Văn phòng Sở;
b) Thanh tra Sở;
c) Phòng Pháp chế - An toàn;
d) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
đ) Phòng Quản lý kết cấu hạ tầng giao thông;
e) Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;
g) Phòng Quản lý chất lượng công trình giao thông.
3. Các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở (04 đơn vị), gồm:
a) Cảng vụ Đường thủy nội địa Bến Tre;
b) Trung tâm Quản lý Phà và Bến xe Bến Tre;
c) Trung tâm Đăng kiểm, Đào tạo, Sát hạch, Kiểm định và Tư vấn công trình giao thông;
d) Ban Quản lý, bảo trì công trình đường bộ.