Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Trung tâm
a) Lãnh đạo Trung tâm có Giám đốc và không quá 02 (hai) Phó Giám đốc.
b) Giám đốc Trung tâm là người đứng đầu Trung tâm, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Y tế và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Trung tâm trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao.
c) Phó Giám đốc Trung tâm là người giúp Giám đốc Trung tâm phụ trách, theo dõi, chỉ đạo một hoặc một số mặt công tác do Giám đốc Trung tâm phân công, chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm và trước pháp luật về các nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Trung tâm vắng mặt, một Phó Giám đốc được Giám đốc ủy quyền điều hành mọi hoạt động của Trung tâm.
2. Các phòng chức năng thuộc Trung tâm gồm 03 phòng:
a) Phòng Tổ chức - Hành chính;
b) Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ;
c) Phòng Tài chính - Kế toán.
3. Các khoa chuyên môn thuộc Trung tâm gồm 13 khoa:
a) Khoa Phòng, chống bệnh truyền nhiễm;
b) Khoa Phòng, chống HIV/AIDS;
c) Khoa Phòng, chống bệnh không lây nhiễm;
d) Khoa Dinh dưỡng;
đ) Khoa Sức khỏe môi trường - Y tế trường học;
e) Khoa Bệnh nghề nghiệp;
g) Khoa Sức khỏe sinh sản;
h) Khoa Truyền thông - Giáo dục sức khỏe;
i) Khoa Ký sinh trùng - Côn trùng;
k) Khoa Kiểm dịch y tế quốc tế;
l) Khoa Dược - Vật tư y tế;
m) Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng;
n) Khoa Khám bệnh và Điều trị dự phòng.