Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu Sở
a) Sở có Giám đốc và các Phó Giám đốc. Số lượng Phó Giám đốc do Ủy ban nhân dân thành phố quyết định;
b) Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, thuộc Ủy ban nhân dân thành phố, là Ủy viên Ủy ban nhân dân thành phố do Hội đồng nhân dân thành phố bầu, do Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố bổ nhiệm, chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân, Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố và trước pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở và thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của ủy viên Ủy ban nhân dân thành phố theo Quy chế làm việc và phân công của Ủy ban nhân dân thành phố;
c) Phó Giám đốc Sở là cấp phó của người đứng đầu Sở thuộc Ủy ban nhân dân thành phố do Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Sở, giúp Giám đốc Sở thực hiện một hoặc một số nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc Sở phân công và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công. Khi Giám đốc Sở vắng mặt, một Phó Giám đốc Sở được Giám đốc Sở ủy nhiệm thay Giám đốc Sở điều hành các hoạt động của Sở. Phó Giám đốc Sở không kiêm nhiệm người đứng đầu tổ chức, đơn vị thuộc và trực thuộc Sở, trừ trường hợp pháp luật có quy định khác.
2. Tổ chức hành chính thuộc Sở
a) Phòng Kế hoạch - Thẩm định;
b) Phòng Quản lý kết cấu hạ tầng và an toàn giao thông;
c) Phòng Quản lý vận tải, phương tiện và người lái;
d) Phòng Quản lý chất lượng công trình giao thông;
đ) Thanh tra;
e) Văn phòng.
3. Đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Sở
a) Trung tâm Quản lý và Điều hành vận tải hành khách công cộng;
b) Trung tâm kiểm định kỹ thuật phương tiện thiết bị giao thông thủy, bộ;
c) Cảng vụ đường thủy Nội địa;
d) Đoạn Quản lý giao thông thủy, bộ.