Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Viện
1. Lãnh đạo Viện có: Viện trưởng và các Phó Viện trưởng..
a) Viện trưởng: do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện;
b) Phó Viện trưởng: do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được Viện trưởng phân công.
2. Phòng nghiệp vụ giúp Viện trưởng thực hiện nhiệm vụ:
a) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;
b) Phòng Tổ chức Hành chính;
c) Phòng Tài chính Kế toán.
Tuỳ theo điều kiện cụ thể, Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam có thể thành lập các phòng cho phù hợp, nhưng không quá 03 phòng.
3. Bộ môn nghiên cứu:
a) Bộ môn Phát sinh học và Phân loại đất;
b) Bộ môn Sử dụng đất;
c) Bộ môn Môi trường đất;
d) Bộ môn Vi sinh vật;
đ) Bộ môn Kinh tế sử dụng đất và phân bón;
e) Phòng Phân tích Trung tâm.
Các bộ môn có Trưởng bộ môn và Phó Trưởng bộ môn; Phòng có Trưởng phòng và Phó Trưởng phòng.
4. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện:
a) Trung tâm Nghiên cứu phân bón và dinh dưỡng cây trồng;
b) Trung tâm Nghiên cứu đất, phân bón và môi trường phía Nam;
c) Trung tâm Nghiên cứu đất vµ phân bón và môi trường Tây Nguyên;
d) Trung tâm nghiên cứu đất và phân bón vùng Trung Du.
Các Trung tâm có Giám đốc và Phó Giám đốc.
Trung tâm Nghiên cứu đất, phân bón và môi trường phía Nam;
Trung tâm Nghiên cứu đất, phân bón và môi trường Tây Nguyên;
Trung tâm nghiên cứu đất và phân bón vùng Trung Du: được sử dụng con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước theo uỷ quyền của Viện trưởng và quy định của pháp luật.