Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Viện
1. Lãnh đạo Viện:
Lãnh đạo Viện Bảo vệ thực vật có: Viện trưởng và Phó Viện trưởng.
a) Viện trưởng: do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện;
b) Phó Viện trưởng: do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng Bảo vệ thực vật và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được Viện trưởng phân công.
2. Các phòng nghiệp vụ giúp Viện trưởng thực hiện nhiệm vụ:
a) Phòng Tổ chức Hành chính;
b) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;
c) Phòng Tài chính Kế toán. Các phòng có Trưởng phòng và Phó Trưởng phòng. Tuỳ theo điều kiện cụ thể, Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam có thể thành lập các phòng cho phù hợp, nhưng không quá 03 phòng.
3. Các Bộ môn nghiên cứu:
a) Bộ môn Bệnh cây;
b) Bộ môn Côn trùng;
c) Bộ môn Miễn dịch thực vật;
d) Bộ môn Thuốc, Cỏ dại và Môi trường;
đ) Bộ môn Chẩn đoán giám định dịch hại và thiên địch;
e) Bộ môn kinh tế sử dụng thuốc Bảo vệ thực vật. Các Bộ môn có Trưởng Bộ môn và Phó Trưởng Bộ môn.
4. Đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện: Trung tâm Đấu tranh sinh học. Trung tâm có Giám đốc và Phó Giám đốc.
5. Công ty Tư vấn và Đầu tư phát triển Bảo vệ thực vật: Công ty là Doanh nghiệp trực thuộc Viện, hoạt động theo quy định của pháp luật.