Điều 9. Tổ chức bộ máy của Viện gồm:
9.1. Khu vực quản lý:
9.1.1. Phòng Kế hoạch Tổng hợp: bao gồm nghiên cứukhoa học, chỉ đạo ngành, đào tạo và hợp tác quốc tế.
9.1.2. Phòng Tổ chức - Hành chính - Quản trị.
9.1.3. Phòng Kế toán Tài chính.
9.2. Khu vực chuyên môn:
9.2.1. Thư viện y học.
9.2.2. Phòng Biên tập: bao gồm: các Ban Biên tập, BanThư ký, Ban Trị sự các tạp chí và các ấn phẩm thôngtin.
9.2.3. Phòng Tin học y dược.
9.2.4. Phòng Xuất bản: in, sao chụp vàsản xuất các sản phẩm dịch vụ thông tin.
Khi có nhu cầu thành lập thêm các phòng,ban khác thì Viện trưởng đề nghị Bộ trưởng Bộ Y tếxem xét và ra quyết định.