Điều 4. Cơ cấu tổ chức của Cục Kiểm tra sau thông quan gồm:
- Phòng thu thập, xử lý thông tin
- Phòng Kiểm tra trị giá hải quan (Phòng Nghiệp vụ 1)
- Phòng Kiểm tra mã số và thuế suất hàng hoá ( Phòng Nghiệp vụ 2)
- Phòng Kiểm tra sau thông quan đối với hàng gia công và sản xuất - xuất khẩu (Phòng Nghiệp vụ 3)
- Phòng Kiểm tra thực hiện chính sách thương mại (Phòng Nghiệp vụ 4)
- Phòng Kiểm tra sau thông quan phía Nam (Phòng Nghiệp vụ 5)
- Phòng Kế hoạch - Tổng hợp