Điều 3. Cơ cấu tổ chức Viện Kinh tế và Quy hoạch Thủy sản có Viện trưởng và một số Phó Viện trưởng;
Cơ cấu tổ chức Viện gồm:
1. Văn phòng;
2. Phòng Tư liệu - Bản đồ;
3. Phòng Chính sách và chiến lược thủy sản
4. Phòng Kinh tế - xã hội;
5. Phòng Quy hoạch;
6. Phân Viện Quy hoạch Thủy sản phía Nam;
7. Trung tâm tư vấn và Quy hoạch phát triển Thủy sản.