Điều 3. Cơ cấu tổ chức — Quyết định 281/2005/QĐ-BNG

Lãnh đạo Học viện gồm Giám đốc và ba Phó Giám đốc. Ngoài ra, có các Phó Vụ trưởng phụ trách phần công việc do Giám đốc phân công.

- Văn phòng;

- Phòng Quản lý Khoa học;

- Phòng Đào tạo;

- Phòng Tổ chức - Cán bộ;

- Phòng Quản trị - Tài vụ;

- Khoa Ngoại ngữ;

- Khoa Bồi dưỡng và Đào tạo sau đại học;

- Khoa Kinh tế quốc tế;

- Khoa Luật quốc tế;

- Khoa Chính trị quốc tế và Ngoại giao Việt Nam;

- Bộ môn Mác-Lê nin và Tư tưởng Hồ Chí Minh;

- Trung tâm Đào tạo Biên Phiên dịch tiếng Pháp;

- Trung tâm Đào tạo Biên Phiên dịch tiếng Anh;

- Trung tâm nghiên cứu Đông Bắc Á;

- Trung tâm nghiên cứu Đông Nam Á;

- Trung tâm nghiên cứu Âu - Mỹ;

- Trung tâm Thông tin - Thư viện.