Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Kế hoạch.
2. Vụ Tài chính.
3. Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
4. Vụ Hợp tác quốc tế.
5. Vụ Pháp chế.
6. Vụ Tổ chức cán bộ.
7. Vụ Quản lý doanh nghiệp.
8. Văn phòng Bộ.
9. Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam (có Đại diện CITES phía Nam tại Thành phố Hồ Chí Minh)
10. Cục Trồng trọt
11. Cục Bảo vệ thực vật.
12. Cục Chăn nuôi.
13. Cục Thú y.
14. Cục Quản lý xây dựng công trình.
15. Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn.
16. Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản.
17. Cục Chế biến và Phát triển thị trường Nông sản.
18. Tổng cục Lâm nghiệp.
19. Tổng cục Thủy sản.
20. Tổng cục Thủy lợi.
21. Tổng cục Phòng, chống thiên tai.
22. Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn.
23. Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn I.
24. Trường Cán bộ Quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn II.
25. Trung tâm Tin học và Thống kê.
26. Báo Nông nghiệp Việt Nam.
27. Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
Tại Điều này, các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 21 là các tổ chức giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các đơn vị quy định từ khoản 22 đến khoản 27 là các tổ chức sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của bộ.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trình Thủ tướng Chính phủ: Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục Thủy lợi, Tổng cục Lâm nghiệp, Tổng cục Thủy sản, Tổng cục Phòng, chống thiên tai; ban hành danh sách các tổ chức sự nghiệp công lập khác thuộc bộ.
Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc bộ, không bao gồm các đơn vị quy định tại các khoản 18, 19, 20 và 21 Điều này.
Vụ Tổ chức cán bộ được tổ chức 06 phòng; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, được tổ chức 05 phòng; Vụ Hợp tác quốc tế được tổ chức 04 phòng; Vụ Pháp chế được tổ chức Phòng Kiểm soát thủ tục hành chính; Thanh tra Bộ được tổ chức 07 phòng; Văn phòng Bộ được tổ chức 10 phòng;
Cục Trồng trọt được, tổ chức văn phòng và 08 phòng;
Cục Bảo vệ thực vật được tổ chức văn phòng, 09 phòng và 09 Chi cục;
Cục Chăn nuôi được tổ chức văn phòng và 07 phòng;
Cục Thú y được tổ chức văn phòng, 09 phòng và 10 chi cục;
Cục Quản lý xây dựng công trình được tổ chức văn phòng và 05 phòng;
Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn được tổ chức văn phòng và 08 phòng;
Cục Quản lý Chất lượng nông lâm sản và thủy sản được tổ chức văn phòng, 06 phòng và 02 chi cục;
Cục Chế biến và Phát triển thị trường Nông sản được tổ chức văn phòng, 07 phòng và 06 Chi cục.