Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Viện: Viện Di truyền Nông nghiệp có Viện trưởng và các Phó Viện trưởng.
a) Viện trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Viện.
b) Phó Viện trưởng do Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam bổ nhiệm theo đề nghị của Viện trưởng và chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và trước pháp luật về nhiệm vụ được Viện trưởng phân công.
2. Các phòng nghiệp vụ giúp Viện trưởng thực hiện nhiệm vụ:
a) Phòng Tổ chức Hành chính;
b) Phòng Khoa học và Hợp tác quốc tế;
c) Phòng Tài chính Kế toán.
Phòng có Trưởng phòng và Phó Trưởng phòng.
Tuỳ điều kiện cụ thể, Giám đốc Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam có thể quyết định thành lập phòng quản lý tổng hợp, nhưng không vượt quá số phòng nêu trên.
3. Các bộ môn nghiên cứu:
a) Bộ môn Đột biến và Ưu thế lai;
b) Bô môn Công nghệ vi sinh;
c) Bộ môn Sinh học phân tử;
d) Bộ môn Bệnh học phân tử;
đ) Bộ môn Kỹ thuật di truyền;
Các bộ môn có Trưởng Bộ môn và Phó Trưởng Bộ môn.
4. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Viện:
a) Phòng thí nghiệm Trọng điểm Quốc gia Công nghệ Tế bào thực vật;
b) Trung tâm Môi trường Sinh học Nông nghiệp;
c) Trung tâm Thực nghiệm Sinh học nông nghiệp Công nghệ cao;
Phòng thí nghiệm Trọng điểm và các Trung tâm được sử dụng con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc theo ủy quyền của Viện trưởng và quy định của pháp luật.
Trung tâm có Giám đốc và Phó giám đốc Trung tâm.
5. Doanh nghiệp trực thuộc Viện:
a) Công ty Nấm sông Hồng: trên cơ sở Trung tâm Công nghệ sinh học thực vật, hiện có. Công ty là Doanh nghiệp trực thuộc Viện Di truyền Nông nghiệp, được sử dụng con dấu và mở tài khoản riêng;
b) Công ty Sinh học Nông nghiệp Văn Giang. Công ty được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật.