Điều 3. Cơ cấu tổ chức Cục
1. Các tổ chức giúp việc Cục trưởng
a) Phòng Kế hoạch – Đầu tư;
b) Phòng Tài chính;
c) Phòng Quản lý hạ tầng;
d) Phòng Pháp chế, Vận tải và An toàn giao thông;
đ) Phòng Khoa học công nghệ - Hợp tác quốc tế và Môi trường;
e) Phòng Tổ chức cán bộ;
g) Phòng Quản lý phương tiện và thuyền viên;
h) Phòng Quản lý dự án vốn trong nước;
i) Phòng Quản lý dự án vốn nước ngoài;
k) Thanh tra;
l) Văn phòng.
2. Chi Cục Đường thủy nội địa Việt Nam
Cục Đường thủy nội địa Việt Nam có Chi cục Đường thủy nội địa phía Bắc (đặt tại thành phố Hải Phòng) và Chi cục Đường thủy nội địa phía Nam (đặt tại thành phố Hồ Chí Minh). Khi cần thiết, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quyết định thành lập Chi Cục Đường thủy nội địa Việt Nam ở các tỉnh thành phố trực thuộc Trung ương khác trên cơ sở đề nghị của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.
3. Các cảng vụ đường thủy nội địa.
4. Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc:
a) Trường Cao đẳng nghề giao thông vận tải đường thủy I;
b) Trường Cao đẳng nghề giao thông vận tải đường thủy II;
c) Trường Trung cấp nghề giao thông vận tải đường thủy;
d) Tạp chí Cánh Buồm;
đ) Các đơn vị quản lý đường thủy nội địa.