Điều 4. Cục Tài chính doanh nghiệp có Cục trưởng và một số Phó Cục trưởng.
Cục trưởng có trách nhiệm bố trí, sắp xếp, quản lý toàn diện công chức của Cục; quản lý tài chính, tài sản được giao theo quy định của Nhà nước; chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về toàn bộ hoạt động của Cục.
Phó cục trưởng chịu trách nhiệm trước Cục trưởng về nhiệm vụ được phân công.
Cơ cấu tổ chức của Cục Tài chính doanh nghiệp gồm:
Các phòng:
1. Phòng Tài chính doanh nghiệp lĩnh vực Công nghiệp (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ I)
2. Phòng Tài chính doanh nghiệp lĩnh vực Giao thông – Xây dựng (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ II)
3. Phòng Tài chính doanh nghiệp lĩnh vực Nông nghiệp – Thuỷ sản (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ III)
4. Phòng Tài chính doanh nghiệp lĩnh vực Dịch vụ (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ IV)
5. Phòng Tổng hợp
6. Phòng Hành chính
Đơn vị sự nghiệp: Tạp chí Tài chính doanh nghiệp.
Nhiệm vụ cụ thể của các phòng và đơn vị sự nghiệp do Cục trưởng Cục Tài chính doanh nghiệp quy định.
Biên chế của Cục Tài chính doanh nghiệp do Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định.
Cục Tài chính doanh nghiệp có con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng để triển khai thực hiện nhiệm vụ được giao.