Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Cục Hàng hải Việt Nam
a) Các tổ chức giúp việc Cục trưởng
1. Ban Kế hoạch - Đầu tư;
2. Ban Tài chính;
3. Ban An toàn hàng hải;
4. Ban Quản lý khai thác kết cấu hạ tầng;
5. Ban Cảng biển;
6. Ban Đăng ký tàu biển và Thuyền viên;
7. Ban Vận tải và Dịch vụ;
8. Ban Khoa học công nghệ;
9. Ban Pháp chế;
10. Ban Hợp tác Quốc tế;
11. Ban Tổ chức cán bộ;
12. Thanh tra Hàng hải;
13. Văn phòng liên lạc với Tổ chức Hàng hải quốc tế (IMO);
14. Văn phòng.
b) Các Chi cục Hàng hải
1. Chi Cục Hàng hải tại thành phố Hải Phòng;
2. Chi Cục Hàng hải tại thành phố Đà Nẵng;
3. Chi Cục Hàng hải tại thành phố Hồ Chí Minh.
c) Các Cảng vụ Hàng hải
Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các Cảng vụ hàng hải theo đề nghị của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.
d) Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc
1. Trung tâm Phối hợp tìm kiếm cứu nạn Hàng hải;
2. Trường Trung học Hàng hải 1;
3. Trường Trung học Hàng hải 2;
4. Tạp chí Hàng hải Việt Nam.