Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Địa chất
2. Vụ Khoáng sản.
3. Vụ Chính sách và Pháp chế.
4. Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế.
5. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
6. Vụ Tổ chức cán bộ.
7. Văn phòng.
8. Cục Kinh tế Địa chất và Khoáng sản.
9. Cục Kiểm soát hoạt động khoáng sản (có 2 Chi cục đặt tại miền Trung và miền Nam).
10. Liên đoàn Bản đồ Địa chất miền Bắc.
11. Liên đoàn Bản đồ Địa chất miền Nam.
12. Liên đoàn Địa chất Đông Bắc.
13. Liên đoàn Địa chất Tây Bắc.
14. Liên đoàn Địa chất Bắc Trung bộ.
15. Liên đoàn Địa chất Trung Trung bộ.
16. Liên đoàn Địa chất xạ - hiếm.
17. Liên đoàn Vật lý Địa chất.
18. Liên đoàn INTERGEO.
19. Trung tâm Nghiên cứu và Chuyển giao công nghệ địa chất, khoáng sản.
20. Trung tâm Phân tích thí nghiệm địa chất.
21. Trung tâm Thông tin, Lưu trữ địa chất.
22. Trung tâm Kiểm định và Công nghệ địa chất.
23. Bảo tàng Địa chất.
24. Tạp chí Địa chất.
Tại Điều này, các tổ chức từ khoản 1 đến khoản 9 là các tổ chức giúp Tổng cục Trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức từ khoản 10 đến khoản 24 là các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Tổng cục.