Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Các tổ chức giúp việc Cục trưởng:
a) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
b) Phòng An toàn - An ninh hàng hải;
c) Phòng Quản lý kết cấu hạ tầng cảng biển;
d) Phòng Công trình hàng hải;
đ) Phòng Đăng ký tàu biển và thuyền viên;
e) Phòng Vận tải và Dịch vụ hàng hải;
g) Phòng Khoa học - Công nghệ và Môi trường;
h) Phòng Pháp chế;
i) Phòng Hợp tác quốc tế;
k) Phòng Tổ chức cán bộ;
l) Thanh tra hàng hải;
m) Văn phòng Thường trực của Ban Thư ký IMO Việt Nam;
n) Văn phòng.
2. Các Chi cục Hàng hải:
a) Chi cục Hàng hải tại thành phố Hải Phòng;
b) Chi cục Hàng hải tại thành phố Hồ Chí Minh.
3. Các Cảng vụ hàng hải: Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải quyết định thành lập, tổ chức lại, giải thể các Cảng vụ hàng hải theo đề nghị của Cục trưởng Cục Hàng hải Việt Nam.
4. Các đơn vị sự nghiệp trực thuộc:
a) Trung tâm Phối hợp tìm kiếm cứu nạn hàng hải;
b) Trung tâm Thông tin an ninh hàng hải;
c) Trường Cao đẳng Hàng hải 1;
d) Trường Cao đẳng nghề Hàng hải thành phố Hồ Chí Minh;
đ) Tạp chí Hàng hải Việt Nam.