Điều 5. Quan hệ giữa Ban chỉ huy đảo Cồn Cỏ với các cơ quan, đơn vị liên quan:
1) Quan hệ giữa Ban chỉ huy đảo Cồn Cỏ với Bộ CHQS tỉnh:
Ban Chỉ huy đảo Cồn Cỏ là đơn vị chịu sự lãnh đạo, chỉ huy, quản lý trực tiếp về mọi mặt của Bộ CHQS tỉnh. Chịu trách nhiệm trước Bộ CHQS tỉnh về chỉ huy thống nhất các lực lượng trên đảo.
2) Quan hệ giữa BCH đảo Cồn Cỏ với Ban chỉ huy Biên phòng:
Giữa Ban chỉ huy Đảo với đồn Biên phòng 214 (thuộc BCH Biên phòng) là mối quan hệ phối hợp hiệp đồng trong quản lý hoạt động của các lực lượng trên đảo có nhiệm vụ bảo vệ đảo trong mọi tình huống, giữ gìn an ninh trật tự trên đảo.
3) Quan hệ giữa BCH đảo với Tổng đội Thanh niên xung phong.
Là mối quan hệ phối hợp công tác, thường xuyên trao đổi, thông báo cho nhau tình hình hoạt động của đơn vị mình, cùng nhau giải quyết các vấn đề liên quan.
4) Quan hệ giữa BCH đảo Côn Cô với lực lượng cảnh sát biển:
Là quan hệ phối hợp thực hiện nhiệm vụ giữ gìn ANCT-TTATXH trên vùng biên ven đảo.
5) Các lực lượng, tổ chức đóng quân trên đảo, ngoài việc thực hiện các chức năng, nhiệm vụ của mình còn phải có trách nhiệm cùng nhau phối hợp trong hoạt động, giải quyết những vấn đề phát sinh khẩn cấp xảy ra trên đảo.