Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Các tổ chức giúp việc của Cục trưởng:
- Phòng kế hoạch - Đầu tư
- Phòng quản lý đường sông
- Phòng xây dựng cơ bản;
- Phòng khoa học công nghệ và QHQT
- Phòng Pháp chế - Vận tải
- Phòng Tổ chức cán bộ
- Phòng Tài chính
- Văn Phòng.
2. Cục đường sông Việt Nam có Chi Cục đường sông Việt Nam đặt tại thành phố Hồ Chí Minh.
Chi Cục được Cục trưởng ủy quyền giải quyết một số mặt công tác của Cục ở các Tỉnh phía Nam.
3. Các Cảng vụ Đường thủy nội đại
4. Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc Cục:
- Trường Trung học Hàng Giang Trung ương I
- Trường Kỹ thuật nghiệp vụ Hàng giang II
- Trường Công nhân kỹ thuật đường thủy
- Tạp chí Cánh Buồm.