Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Vụ Chính sách và Pháp chế.
2. Vụ Hợp tác quốc tế và Khoa học, Công nghệ.
3. Vụ Kế hoạch - Tài chính.
4. Vụ Tổ chức cán bộ.
5. Văn phòng.
6. Cục Bảo tồn đa dạng sinh học.
7. Cục Kiểm soát ô nhiễm.
8. Cục Quản lý chất thải và Cải thiện môi trường (có Chi cục Bảo vệ môi trường lưu vực sông Cầu, Chi cục Bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy).
9. Cục Thẩm định và Đánh giá tác động môi trường.
10. Cục Kiểm soát hoạt động bảo vệ môi trường.
11. Cục Môi trường miền Trung và Tây Nguyên.
12. Cục Môi trường miền Nam.
13. Trung tâm Đào tạo và Truyền thông môi trường.
14. Trung tâm Quan trắc môi trường.
15. Trung tâm Thông tin và Tư liệu môi trường.
16. Trung tâm Tư vấn và Công nghệ môi trường.
17. Tạp chí Môi trường.
18. Viện Khoa học môi trường.
Tại Điều này, các tổ chức quy định từ Khoản 1 đến Khoản 12 là các tổ chức hành chính giúp Tổng Cục trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước; các tổ chức quy định từ Khoản 13 đến Khoản 18 là các đơn vị sự nghiệp.