Điều 3. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Cục:
Lãnh đạo Cục có Cục trưởng và các Phó Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định.
Cục trưởng điều hành hoạt động của Cục, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về hoạt động của Cục.
Phó Cục trưởng giúp Cục trưởng theo dõi, chỉ đạo một số mặt công tác theo sự phân công của Cục trưởng và chịu trách nhiệm trước Cục trưởng, trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công.
2. Bộ máy quản lý:
a) Phòng Quản lý Quy hoạch;
b) Phòng Quản lý Công trình;
c) Phòng Quản lý tưới tiêu;
d) Phòng Khoa học Công nghệ và Môi trường;
đ) Kế hoạch, Tài chính;
e) Phòng Thanh tra, Pháp chế;
g) Văn Phòng Cục;
h) Bộ phận thường trực tại thành phố Hồ Chí Minh.
3. Đơn vị sự nghiệp: Trung tâm Chuyển giao công nghệ quản lý nước và công trình thuỷ lợi.
Cục trưởng Cục Thuỷ lợi xây dựng Đề án tổ chức, sắp xếp lại các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Cục theo quy định, trình Bộ trưởng quyết định và tổ chức thực hiện;
Cục trưởng Cục Thuỷ lợi quy định chức năng, nhiệm vụ, bổ nhiệm cán bộ theo phân cấp của Bộ và ban hành Quy chế làm việc của Cục.