Điều 3. Cơ cấu tổ chức của Trung tâm:
Lãnh đạo Trung tâm có Giám đốc và Phó Giám đốc Trung tâm. Giám đốc do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn bổ nhiệm (miễn nhiệm), Phó Giám đốc do Viện trưởng Viện Khoa học kỹ thuật nông lâm nghiệp Tây Nguyên bổ nhiệm (miễn nhiệm) theo phân cấp hiện hành của Bộ.
Các bộ phận chuyên môn nghiệp vụ:
Giao cho Viện trưởng Viện Khoa học kỹ thuật nông lâm nghiệp Tây Nguyên căn cứ theo nhiệm vụ của Viện và điều kiện cụ thể của Trung tâm quy định cơ cấu tổ chức, nhiệm vụ, biên chế, mối quan hệ làm việc, bổ nhiệm cán bộ phụ trách đối với các bộ phận chuyên môn nghiệp vụ cụ thể của Trung tâm theo phân cấp hiện hành của Bộ (trong đó mỗi lĩnh vực nghiên cứu phải có trên 7 cán bộ có trình độ từ đại học trở lên).