Điều 17. Quan hệ với Chi cục và các Phòng chức năng thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn
Chi cục phối hợp với các Phòng chức năng của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn trong việc tham mưu giúp Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thuộc UBND Huyện; Phòng Kinh tế thuộc UBND Quận/Thị xã/Thành phố thuộc tỉnh trong việc thực hiện quản lý nhà nước về quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản ở địa phương theo phân cấp của Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh.
Chi cục Quản lý Chất lượng Nông Lâm sản và Thủy sản thực hiện chức năng đầu mối, chủ trì phối hợp với các Chi cục thuộc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn có chức năng và nhiệm vụ liên quan đến chỉ đạo sản xuất và quản lý chất lượng an toàn vệ sinh thực phẩm trong quá trình sản xuất nông, lâm, thủy sản và muối (Chi cục Thú y, Chi cục Bảo vệ thực vật, ...) tổ chức quản lý nhà nước về chất lượng nông lâm sản và thủy sản trong toàn bộ quá trình sản xuất đến khi thực phẩm được đưa ra thị trường nội địa hoặc xuất khẩu.